2004年2月14日，當時的考試院考試委員徐正光委員、中央大學客家學院張維安院長等學術界人士，在經歷一段時間的籌備之後，在這一天假台灣大學法學院國際會議廳舉行「台灣客家研究學會」成立大會，專屬於客家研究的學術性社團組織正式誕生了。
成立大會當天選出徐正光教授為創會理事長，徐正光理事長上任後不久， 在尚未正式向內政部提出登記之前，因公職在身不便擔任民間社團負責人於是辭職，理事會重新選舉常務理事張維安教授為理事長，其後並獲得連任，所以學會第一任和第二任理事長是張維安教授，當時擔任國立中央大學客家學院院長，目前為國立交通大學客家文化學院院長。第三任理事長是莊英章教授，時任國立交通大學客家文化學院院長，目前已退休。第四任理事長是徐正光教授，曾任中央研究院民族學研究所所長、國立清華大學社會人類學研究所所長、考試院考試委員，擔任理事長時已自考試院退休。第五任理事長由當年客家運動重要推手羅肇錦院長擔任，目前已從國立中央大學客家學院退休。第六任理事長邱榮裕教授為國立台灣師範大學歷史系教授，目前已退休。第七任亦即現任理事長為林本炫教授，目前任職於國立聯合大學客家研究學院文化觀光產業學系，並為客家研究學院院長。
當年籌組台灣客家研究學會的構想，主要是當時歷經解嚴將近二十年，台灣社會文化及價值體系愈趨多元，因而族群研究也開始成為民間與學術界共同關心的焦點之一，特別是客家研究正開始蔚為風潮。台灣學界及民間從事客家研究數十年來已積累出不少成果，但始終缺乏一個研究資源統整及科際交流、對話的平台。因此，台灣客家研究學會成立的目的在於形成客家研究的社群、面對客家問題意識、發展客家研究議題、建構客家學的體系，並使之發展得更加完整。台灣客家研究學會成立大會當天下午特別安排一個名為「邁向客家學之路：客家學研究的回顧與展望」座談會，由此可見台灣客家研究學會的關心重點所在。
台灣客家研究學會章程第二條記載：「結合相關學者、學生、社會人士，共同深入研究客家族群相關議題，以開拓客家知識體系。」明確指出開拓客家知識體系為學會的宗旨，而其策略則是結合相關學者、學生和社會人士共同努力，而對客家研究有興趣並實際從事研究者，就是一般所稱的「文史工作者」。實際上，學會的發起者包括學院內的學者以及學院外關心客家的文史工作者，初期的理事和監事也都包括這兩種身份者。隨著客家學院研究生的增多，會員當中也有不少是學生會員。
客家委員會、客家學院和客家電視台，一般稱為「客家三寶」，是1988年客家運動的成果，其實台灣客家研究學會也可以看作是客家運動的產物。初期的成員和理監事，有相當比例就是當初推動客家運動的推手或參與者。由於是學術性社會團體，因此主要任務在於學術性的客家知識體系的推動，和其他客家社團形成相輔相成的關係。由於「客家知識體系」是一個跨學科的研究領域，因此台灣客家研究學會和其他單一學科的學會組織（例如台灣社會學會等）不同，成員包含不同專業領域的學者，在學科認同上面臨不同的挑戰。
台灣客家研究學會成立十多年來，舉辦過多項研討會、國際交流等學術活動，其中在2005 年12月24日舉辦的「乙未戰爭與客家 」學術研討會，開啟國內對於1895年客家先民抗日的重視和研究。學會自2006年起創辦「客家新聞獎」（後由客委會承辦，但於2011年停辦），對客家語言的傳播，及提升媒體有關客家報導之質量、獎勵優秀新聞人才上，有卓越的貢獻。出版方面曾經編輯發行三本專書，分別是《台灣客家研究概論》、《多元族群與客家：臺灣客家運動20年》、《客家書寫：方志展演與認同》。由於客家委員會和台灣客家研究學會有共同的目標，因此在學術活動的舉辦和專書的出版方面，歷年來均獲得客家委員會的補助和支持。
台灣客家研究學會目前已有會員將近兩百人。歡迎從事客家學術研究的學者、文史工作者和研究生加入學會。